TGen-Fallstudie

Der Ausbruch der COVID-2020-Pandemie (SARS-CoV-19) im Jahr 2 hat die Welt in einem gemeinsamen Kampf vereint, an dessen Spitze medizinische Mitarbeiter, Forscher und Wissenschaftler stehen. Als Organisation, die sich der „Durchführung bahnbrechender Forschung mit lebensverändernden Ergebnissen“ widmet, ist das Translationale Genomforschungsinstitut (TGen), eine Tochtergesellschaft von City of Hope, Teil der globalen medizinischen Gemeinschaft, die aktiv nach Wegen sucht, COVID zu behandeln und zu beseitigen. 19.

TGen ist ein in Arizona ansässiges Forschungsinstitut, das seit 2002 zahlreiche menschliche Krankheiten und Krebsarten erforscht. Um den weltweiten Kampf gegen COVID-19 zu unterstützen, arbeitet TGen an der Entwicklung eines zentralisierten, aggregierten Datensatzes, der COVID- automatisch abrufen kann. 19 sequenzierte Genome und andere verwandte Daten aus mehreren Quellen. Dieser Datensatz kann dazu beitragen, die Forschung und Datenanalyse zu verbessern und das Verständnis des viralen Genoms zu verbessern.

HERAUSFORDERUNGEN

  • Fehlen eines gemeinsamen Datenrepositorys für das SARS CoV-2-Genom und verwandte Metadaten
  • Zeitaufwändige Datenanalyseprozesse
  • Schwierigkeiten beim Wissensaustausch zwischen Forschern weltweit
  • Begrenzte Infrastrukturfunktionen zur Ausführung verschiedener Computer-Workflows

LÖSUNG

phoenixNAPist Brauch Hardware-as-a-Service Lösungen mit Intel Xeon Dual Gold 6258R-CPUs, Intel NVMe (P4610) mit Intel VROC, Intel NICs und Intel Optane Persistent Memory zur Erweiterung der Speicherkapazität (128 GB DRAM + 1536 GB Intel PMem); Programmierbare Intel® Tofino ™ Ethernet-Switch-Produkte.

ERGEBNISSE

  • Schnelle Datenverarbeitung mit Intel PMem im Vergleich zu herkömmlichem RAM
  • Zentralisierte Plattform für globalen Datenzugriff und Analyse
  • Integrierte Datenbank für effizientere Forschung auf globaler Ebene
  • Optimierte Infrastruktur für rechenintensive Workloads

"Das Durchsuchen genetischer Daten nach nützlichen Informationen ist entscheidend, um Patienten schneller behandeln zu können. Wir freuen uns, mit Intel zusammenzuarbeiten und Technologien wie Persistent Memory zu nutzen, um nicht nur das Entdeckungstempo zu beschleunigen, sondern auch unsere Fähigkeit, Antworten in den Daten zu finden. TGen freut sich darauf, Intel Persistent Memory zu nutzen, um die Leistung von Genomics DB zu beschleunigen."

-James Lowey, CIO, TGen